这一次休斯敦火箭没有再把总冠军拱手相让，总决赛关键的第七场比赛，奥拉朱旺拿下该场比赛最高的25分+10个篮板，帮助火箭队以4-3击败尼克斯夺得队史第一座总冠军。
总决赛系列赛中，奥拉朱旺在和尤因的对位中完全占据了优势，他场均可以得到26.9分，投篮命中率为50%。而尤因七场比赛场均可以得到18.9分，投篮命中率仅为36.3%。奥拉朱旺也凭借优异的表现荣膺总决赛MVP。
1994年，奥拉朱旺成为联盟历史上仅有的一位在单赛季同时包揽常规赛MVP、总决赛MVP和年度最佳防守球员奖项的球员。此外，奥拉朱旺也是联盟历史上第一位夺得MVP奖项的外裔球员。
随后的一年，他们在总决赛4-0横扫当时由年轻的沙奎尔-奥尼尔领衔的魔术队。成为NBA有史以来赢得总冠军的排名最低的球队，同时也是NBA季后赛中第一支淘汰了四支常规赛战绩50胜+球队的队伍。
在和奥尼尔的对位中，奥拉朱旺完全打爆奥尼尔，每场比赛得分都超过了30分。
卫冕成功后，奥拉朱旺再次夺得总决赛MVP。整个季后赛，奥拉朱旺场均可以砍下33分，投篮命中率高达53.1%，此外奥拉朱旺每场比赛还能贡献10.3个篮板以及2.81次封盖。
这也就是休斯敦火箭最为辉煌的二连冠时期。
后面休斯敦火箭就进入了混沌时期，成绩一直不上不下，甚至一直在季后赛边缘徘徊。
2001年，火箭将年事已高的奥拉朱旺交易至多伦多猛龙队，只留下了史蒂夫·弗朗西斯和卡蒂诺·莫布里。
毫无意外，这支球队在没有奥拉朱旺的情况下交出了28胜54负的令人失望的答卷，平了火箭队迁址休斯敦以来的第二差战绩。
不过，休斯敦火箭队的运气不错，在2002年抽签大会上，火箭队利用仅有的7%的机会抽中了状元签，而火箭队也利用这个状元签得到球队历史上第五位状元。火箭队这一次得到的状元还是一名内线球员-中国籍球员姚明。
姚明也成为NBA联盟历史上第一位外籍状元。
但是姚明因为种种原因，并不能亲临选秀大会现场。
第一个赛季交出13.5分+8.2篮板的数据，不过最佳新秀被小斯夺走。
这一年火箭也没能进入季后赛。
次年火箭虽然打入季后赛，不过首轮就被洛杉矶湖人送回老家。
姚明的到来让火箭队受益匪浅，虽然在战绩上并没有明显的提高，但是他身上蕴藏着的巨大商业价值让原本穷困潦倒的火箭队一夜之间成为商家的宠儿。
火箭队自然也把姚明看做是未来球队重返辉煌的希望。
2004年6月29日，为了能更好地提升球队战斗力，休斯敦火箭完成了一笔重磅交易：送出了史蒂夫-弗朗西斯、卡蒂诺-莫布里、凯文-卡托，交易得到了魔术队的特雷西·麦克格雷迪、朱万-霍华德、泰伦-卢以及里斯-盖恩斯。
彼时的麦迪是两届得分王，两次最佳阵容一阵的超级巨星。
他与姚明的合作也让中国球迷，乃至世界球迷兴奋不已。
球队也确立以“姚麦组合”为核心的技战术体系。不过“姚麦组合”依然不能改变火箭队起伏不定的历史。
麦迪的到来，让火箭的竞争力得到了大幅提升。在他加盟火箭的5个赛季中，球队有4个赛季都至少拿下了50胜，其中2005-06赛季，火箭因为大面积的伤病问题，未能进入季后赛。
麦迪在火箭期间，一共出战了303场比赛，场均得到22.7分5.5篮板5.6助攻。虽然和他在魔术队的表现相比，这些数据都出现了一定的下滑，但不可否认，这样的表现仍然是全明星级别。
他在刚刚到火箭的这个赛季，在对阵豪强马刺队的比赛中，就为观众们展现了惊天动地的35秒13分，还有被球迷津津乐道的22连胜。
不过麦迪最令人遗憾的是，他从来没有以核心身份带队突破过季后赛首轮。
在魔术队如此，在火箭队同样如此。
在05、07、08这三年的季后赛中，麦迪虽然场均可以看下27.7分+7.1篮板+7.0助攻，却还是难以帮助球队突破首轮。
姚麦组合随着麦迪被交易，姚明退役的结果，失败告终。
许多人都苛责麦迪，不过问题真的出在他身上吗？
从麦迪的表现来看，他已经做到足够多。
在2008年季后赛再次被犹他爵士淘汰后，打封闭上场的麦迪很绝望地表示：自己真的尽力了。
火箭为了得到麦迪，付出了弗朗西斯、莫布里、卡托，三个绝对主力，可是得到的4个人中，
具备首发能力的，只有麦迪。
况且火箭那几年的选秀引援简直堪称灾难。
直到后来从马刺皮拿来的斯科拉，选秀得到了布鲁克斯、兰德里，又交易得到了阿泰斯特，才终于拼凑出一套十分有竞争力的阵容。
最终以54胜28负西部第四名的成绩进入季后赛，并依仗主场的优势，以4-2的大比分淘汰开拓者队，自从1997年之后，火箭队首次晋级西部半决赛。
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